Arheološka istraživanja kod crkve Gospe u Siti utvrdila su ostatke velike raskošne kasnoantičke rimske vile (dijelove mozaika i termalnog kompleksa), na čijim je temeljima u srednjem vijeku podignuta crva sv. Marije, te groblja unutar kojega je istraženo 28 stećaka i 191 grob. Srednjovjekovna povijesna vrela ovaj lokalitet i crkvu sv. Marije spominju kao posjed benediktinskog samostana sv. Stjepana kod Splita.

Samostanska isprava iz 1129. g. najstariji je dokument koji spominje crkvu i njezine hrvatske graditelje (pod romaniziranim imenom Schiavoni). Crkva se pod nazivom sv. Marije od Site spominje u ugovoru koji su 1430. g. s opatom toga samostana sklopili seljaci Opaćeg Sela, to jest kmetovi koji su obrađivali samostansku zemlju i koji su pokapani na groblju oko crkve. To je selo napušteno sredinom 16. st., a također i crkva koja je tijekom mletačko-turskih ratova (16.–17. st.) zapuštena i propala.

Obnovljena je u 18. st., no 1944. g. potpuno je srušena, a na njezinim je temeljima 1954. g. izgrađena nova u koju su ugrađeni elementi stare crkve: rozeta, preslica, nadvratnik s urezanim križem i luk. Kao oltarna menza u ovoj crkvi služi nadgrobna ploča s obližnje nekropole, a kao nosač oltara rimski miljokaz, nađen na području Miljevca.

U neposrednoj blizini ove kamene crkve skromnih dimenzija danas se nalazi velika, moderna zgrada župne crkve i pastoralnog centra Gospe u Siti, sagrađena 2007. g., a posvećena uznesenju Blažene Djevice Marije na nebo.